En torno a San Isidoro se ciernen muchas leyendas, entre las que se encuentran la invasión de abejas en su cuna o la del brocal del pozo.
Pero la más reciente, se remonta al 1063, cuando Almothadi, Rey de la Taifa de Sevilla, envió al Rey Fernando I ricos regalos para consolidar las buenas relaciones entre los reinos , lo que fue de agrado para la corte , que en aquellos momentos era pobre a causa de las guerras .
Fernando I pidió al monarca sevillano recuperar para la España cristiana las reliquias de las Santas Justa y Rufina y llevárselas para León . Almothadi accedió aclarando que no sabía donde estarían. El Rey Fernando mandó a Alvito , Obispo de León , acompañado de caballeros y monjes que estuvieron examinando iglesias y templos buscando las reliquias durante un año.
Desalentados, el día en que iban a volver a León , se le apareció en sueños un hombre vestido con una túnica blanca y una mitra en la cabeza diciendo que el era el Obispo de Sevilla , San Isidoro , y que Dios le había dado el gozo de que encontraran sus restos y los enviaran a León, además, vaticinó que moriría en un plazo de tres días y que no podría terminar la misión . Por último le dijo donde podría encontrar su cuerpo .
A la mañana siguiente el Obispo contó todo lo que le había sucedido y fueron al lugar que le habían dicho en sueños . Escabaron y encontraron una losa a poca profundidad y bajo ella un ataúd que contenía el cuerpo incorrupto de San Isidoro.
Mandaron hacer dos ataudes de ricas maderas , en uno de ellos colocaron los restos de San Isidoro y en el otro los de Alvito , que como le dijo la aparición murió a los tres días, lo que no se sabe es dónde se encontró el cuerpo de San Isidoro: en Santiponce , en La Catedral o en la iglesia de San Vicente.
El rey Almothadi despidió a los monjes y a los caballeros y cuando pasó el ataúd de San Isidoro se arrodilló ante él , lo besó, y dijo : Sevilla vale menos desde que tú no estas . Una vez dicho esto marchó hacia los alcázares pensativo .
